อาณาจักรที่สร้างขึ้นผ่านทางดนตรีต้องเผชิญกับอนาคตที่ไม่แน่นอนหลังจากสัตว์ประหลาดที่เรียกว่า 'The Ancestor' ก่อกวนดินแดนด้วย 'Hollow Rain' ที่ทำลายล้าง ฝนที่อันตรายนี้ทำให้ใครก็ตามที่สัมผัสถูก 'เบ่งบาน' กลายเป็นกลีบดอกไม้สีขาวที่พลุกพล่าน และหายไปจากการดำรงอยู่ในที่สุด DEEMO II ติดตาม Echo เด็กสาวที่เบ่งบานแต่กลับมาปรากฏตัวอีกครั้งอย่างลึกลับ และ Deemo ผู้พิทักษ์สถานีลึกลับ ขณะที่พวกเขาเดินทางผ่านโลกที่เปียกโชกไปด้วยฝนนี้ด้วยความหวังว่าจะพบหนทางที่จะกอบกู้มันไว้