Королівство, створене завдяки музиці, стикається з невизначеним майбутнім після того, як монстр на ім’я «Предок» вражає землю руйнівним «Порожнистим дощем». Цей небезпечний дощ змушує будь-кого, кого він торкнеться, «розквітнути», перетворюючись на шквал білих пелюсток квітів і зрештою зникаючи. DEEMO II слідкує за Ехо, дівчиною, яка розцвіла, але таємничим чином знову з’явилася, і Діемо, загадковим Охоронцем станції, під час подорожі цим залитим дощем світом у надії знайти спосіб його врятувати.