Ett rike skapat genom musik går en oviss framtid till mötes efter att ett monster som heter "The Ancestor" plågar landet med ett destruktivt "Hollow Rain". Detta farliga regn får alla som det rör vid att "blomma", förvandlas till en uppsjö av vita blomblad och till slut försvinner från existensen. DEEMO II följer Echo, en tjej som har blommat ut men mystiskt dykt upp igen, och Deemo, en gåtfull station Guardian, när de reser genom denna regnvåta värld i hopp om att hitta ett sätt att rädda den.