Королевство, созданное с помощью музыки, сталкивается с неопределенным будущим после того, как монстр по имени «Предок» обрушивает на землю разрушительный «Пустой дождь». Этот опасный дождь заставляет всех, кого он касается, «расцветать», превращаясь в шквал лепестков белых цветов и в конечном итоге исчезая из существования. DEEMO II следует за Эхо, девушкой, которая расцвела, но таинственным образом вновь появилась, и Димо, загадочным хранителем станции, которые путешествуют по этому пропитанному дождем миру в надежде найти способ спасти его.