Królestwo stworzone dzięki muzyce stoi przed niepewną przyszłością po tym, jak potwór zwany „Przodkiem” nęka krainę niszczycielskim „Pustym Deszczem”. Ten niebezpieczny deszcz powoduje, że każdy, kogo dotknie, „rozkwita”, zamieniając się w lawinę białych płatków kwiatów i ostatecznie znikając z istnienia. DEEMO II podąża za Echo, dziewczyną, która zakwitła, ale w tajemniczy sposób pojawiła się ponownie, oraz Deemo, enigmatycznym Strażnikiem stacji, podczas podróży przez zalany deszczem świat w nadziei znalezienia sposobu na jego ocalenie.