Een door muziek gecreëerd koninkrijk gaat een onzekere toekomst tegemoet nadat een monster genaamd 'The Ancestor' het land teistert met een vernietigende 'Hollow Rain'. Deze gevaarlijke regen zorgt ervoor dat iedereen die hij aanraakt, 'bloeit', verandert in een vlaag van witte bloemblaadjes en uiteindelijk uit het bestaan verdwijnt. DEEMO II volgt Echo, een meisje dat is opgebloeid maar op mysterieuze wijze weer is verschenen, en Deemo, een raadselachtige station Guardian, terwijl ze door deze door regen doordrenkte wereld reizen in de hoop een manier te vinden om deze te redden.