「The Ancestor」と呼ばれる怪物が破壊的な「Hollow Rain」で国を襲い、音楽によって築かれた王国は不確実な未来に直面している。 この危険な雨は、触れたものを「開花」させ、白い花びらとなって最後には消滅させます。 DEEMO II は、花が咲いたものの不思議なことに再び現れた少女エコーと、謎のステーション ガーディアンであるディーモを追って、雨に濡れた世界を救いの方法を見つけるために旅をします。