Sebuah kerajaan yang diciptakan melalui musik menghadapi masa depan yang tidak pasti setelah monster bernama 'Leluhur' menyerang negeri itu dengan 'Hollow Rain' yang merusak. Hujan berbahaya ini menyebabkan siapapun yang disentuhnya 'mekar', berubah menjadi kelopak bunga putih dan akhirnya lenyap dari keberadaan. DEEMO II mengikuti Echo, seorang gadis yang telah mekar tetapi muncul kembali secara misterius, dan Deemo, seorang penjaga stasiun yang penuh teka-teki, saat mereka melakukan perjalanan melalui dunia yang basah kuyup ini dengan harapan menemukan cara untuk menyelamatkannya.