A zenével létrejött királyság bizonytalan jövő előtt áll, miután egy „The Ancestor” nevű szörnyeteg pusztító „Hollow Rain”-vel sújtja a földet. Ez a veszélyes eső „virágzásra” késztet mindenkit, akit megérint, fehér virágszirmokká változik, és végül eltűnik a létezésből. A DEEMO II követi Echót, egy lányt, aki kivirágzott, de titokzatosan újra megjelent, és Deemót, a rejtélyes Guardian állomást, amint keresztülutaznak ezen az esőáztatta világon, abban a reményben, hogy megtalálják a módját annak megmentésére.