Un royaume créé grâce à la musique fait face à un avenir incertain après qu'un monstre appelé « L'Ancêtre » ravage la terre avec une « Pluie creuse » destructrice. Cette pluie dangereuse fait « fleurir » toute personne qu’elle touche, se transformant en une rafale de pétales de fleurs blanches et finissant par disparaître de l’existence. DEEMO II suit Echo, une fille qui a fleuri mais mystérieusement réapparue, et Deemo, un gardien énigmatique de la station, alors qu'ils voyagent à travers ce monde détrempé par la pluie dans l'espoir de trouver un moyen de le sauver.