Et rige skabt gennem musik går en usikker fremtid i møde, efter at et monster kaldet 'The Ancestor' plager landet med en destruktiv 'Hollow Rain'. Denne farlige regn får enhver, den rører ved, til at 'blomstre', blive til en byge af hvide blomsterblade og i sidste ende forsvinde fra eksistensen. DEEMO II følger Echo, en pige, der har blomstret, men på mystisk vis dukket op igen, og Deemo, en gådefuld station Guardian, mens de rejser gennem denne regnvåde verden i håb om at finde en måde at redde den på.