Království vytvořené prostřednictvím hudby čelí nejisté budoucnosti poté, co monstrum zvané 'The Ancestor' sužuje zemi ničivým 'Hollow Rain'. Tento nebezpečný déšť způsobí, že každý, koho se dotkne, „rozkvete“, změní se v příval bílých okvětních plátků a nakonec zmizí z existence. DEEMO II sleduje Echo, dívku, která rozkvetla, ale záhadně se znovu objevila, a Deemo, tajemnou stanici Guardian, jak putují tímto deštěm nasáklým světem v naději, že najdou způsob, jak ho zachránit.